Interior del Templo

La planta de esta iglesia es de única nave y de tipo cajón, está formada por un rectángulo de 45 metros y 38 centímetros de largo por 10 metros y 24 centímetros de ancho. En ella se sitúan, capillas, retablos, esculturas religiosas y yacentes, lápidas, obras pictóricas de rejería y azulejería.

El esquema de la iglesia es uno de los modelos que se utilizaban en el siglo XVI y que posee una espaciosa y elevada nave con presbiterio y dos coros, uno alto y otro bajo, todo ello cubierto con grandes armaduras de madera en las que abunda la lacería, cuya carpintería se encuentra entre la mejor del mudéjar sevillano. En concreto los alfarjes, obra de Alonso del Castillo, Francisco Ramírez y Alonso Ruíz realizadas en 1564.

La construcción del templo tuvo lugar en distintas fases de la segunda mitad del siglo XVI, sin que se sepa hasta hoy quien fue el autor del proyecto. Según Celestino López Martínez, dirigieron dicha construcción Juan de Simancas y Pedro Díaz de Palacios, el primero titular de las obras de los Reales Alcázares y el segundo cercano a Hernán Ruíz II.

Los frescos de la iglesia se encuentran en la Capilla Mayor o presbiterio, en el arco toral y en los muros, que presenta una profusa decoración.

Parte de la bella pinacoteca fue expoliada tras la Revolución de 1868 y solo algunas de ellas se han podido conservar, como es el caso del lienzo de Santo Domingo en Soriano en la parte alta del muro izquierdo y junto con la Predicación de san Vicente Ferrer del siglo XVII. El primero es obra de Juan del Castillo entre 1635 y 1638 dentro del manierismo y naturalismo. Hace alusión a una leyenda milagrosa de santo Domingo de Guzmán.

Otras obras pictóricas son el Martirio de san Lorenzo atribuible al pintor flamenco Pieter Van Lint de mediados del siglo XVII y el san Juan Bautista de Pedro Atanasio Bocanegra de 1673.

En las esculturas destacamos las yacentes que se encuentran en la Capilla Mayor ubicadas en  los laterales. Representan a doña Juana de Zúñiga, siéndole concedido el patronato de la Capilla Mayor, y su hija doña Catalina Cortés, monja profesa en el convento, mujer e hija de Hernán Cortés respectivamente.

Es de reseñar la lauda de Diego Venegas que se encuentra en el centro del pavimento de la nave. El licenciado Venegas, Oidor de la casa de la Contratación manifestó su voluntad de ser enterrado en la iglesia del monasterio de Madre de Dios.

Según se accede al templo y a la derecha del cancel, se ha situado recientemente un modesto altar dedicado a san Martín de Porres.